2016年5月1日起，餐饮业开始全面实行“营改增” ，为整个行业带来了极大的减负利好，对引导餐饮业实施供给侧结构性改革 、促进可持续发展起到了积极作用。但是，餐饮企业在“营改增”实施过程中，仍遇到了一些问题和困难。今年来自餐饮业的全国人大代表许菊云，全国政协委员刘延云 、严琦在提交的议案提案中，不约而同地关注到了餐饮业“营改增”中出现的问题，并提出了各自的建议 。
连锁餐企汇总纳税进程受阻
《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）明确规定 ，“总分支机构不在同一县（市） ，但在同一省（自治区 、直辖市、计划单列市）范围内的，经省（自治区 、直辖市 、计划单列市）财政厅（局）和国家税务局批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报缴纳增值税。”但是在实际实施过程中，各地税务机关在政策解读和流程操作方面存在巨大差异，导致连锁餐饮企业增值税汇总纳税进程受阻 。
根据中国烹饪协会会员企业调查，在湖南 、四川、甘肃 、新疆、陕西、山西、东北三省等地，由于从主管税务机关、市级税务局直至省级税务局对政策理解不同，餐饮企业虽然积极与各级税务机关沟通，但仍无法取得同意汇总纳税的批复。其中，四川省则明确表示基本不考虑按省汇总计算的方法 。
许菊云 、刘延云认为，无法及时获得汇总计算的批复 ，不仅干扰了企业正常运营秩序，更是造成了不同地区间税负不平衡，无法真实反映“营改增”政策的减税效果。在连锁餐饮企业做大做强的必然趋势下，随着连锁企业分支机构、门店纳税人的数量不断增加 ，企业在税务守法合规方面所投入的成本却不断上升，各地申报实践各异从而造成纳税申报工作量巨大 。
为此，两位代表委员建议 ，明确汇总计算方法的审批时间。督促指导各省增加审批的透明度 ，在下放审批权限到各省的同时，应敦促各省税务机关尽快完成审批 。
餐企农产品进项税抵扣难
农副产品增值税管理是增值税征抵链条一个重要的起点 ，直接影响整个增值税征抵链条的效率和质量，同时也影响农业相关产业的成长。餐饮行业纳入“营改增”范围后，一般纳税人增值税税率由5%调整为6%，税率虽然提高了1%，但此税可以采取进项税抵扣以减少企业成本。但“成本”能减去多少 ，进项税能抵扣多少，则是困扰不少餐饮行业的难题 。
进项税额抵扣需要取得相应的增值税发票，而作为占餐饮业成本40%左右的农副产品却很难取得抵扣进项的票据。严琦委员指出 ，农副产品本身属免税项目 ，加之市场不规范 ，农副产品中间周转环节大部分为个体户。
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